云南省红茶工程技术研究中心组织管理机构合理，运行机制建设完善，规章制度健全，共建各方履行职责，优势互补，分工协作。

管理领导机构：“云南省红茶工程技术研究中心”设立建设工作领导小组，组长由滇西科技师范学院工程中心主任担任，副组长由滇红集团1名领导、临沧市科技局分管副局长担任，成员由滇红集团分管科研、技术的集团领导、滇西科技师范学院科研骨干组成。

管理运行机构：“云南省红茶工程技术研究中心”设管理委员会，委员会设 9 名委员，其中：主任委员 1 名、副主任委员 3 名、委员 5 名；三方建设单元协商派出委员，并分别确定 1 名具体工作负责人。管理委员会下设综合办公室在滇西科技师范学院。云南省红茶工程技术研究中心设置综合办公室：负责统筹“工程中心”的建设和日常运行工作，对“工程中心”实施日常管理。